Organisation und Struktur der Universität zu Köln ergeben sich aus den gesetzlichen Bestimmungen und der Grundordnung der Universität.
Die zentralen Leitungsgremien sind das Rektorat, der Hochschulrat und der Senat. Das Rektorat leitet die Universität. Es besteht derzeit aus dem Rektor, sechs Proektorinnen und Prorektoren und dem Kanzler.
Der Rektor sitzt dem Rektorat vor und vertritt die Universität nach außen. Der Hochschulrat berät das Rektorat und übt die Aufsicht über dessen Geschäftsführung aus. Der Senat ist zuständig für Angelegenheiten der Forschung, Kunst, Lehre und des Studiums, die die gesamte Universität oder zentrale Einrichtungen betreffen oder von grundlegender Bedeutung sind. Seine Mitglieder bilden zusammen mit den Mitgliedern des Hochschulrates die Hochschulwahlversammlung, die die Mitglieder des Rektorats wählt.
Die Arbeit von Rektorat, Hochschulrat und Senat wird durch weitere Ausschüsse und Gremien unterstützt, wie etwa den Wissenschaftlichen Beirat, der das Rektorat und die Fakultäten in allen wichtigen wissenschaftlichen Fragen berät.